Оставаясь в течение многих лет признанным лидером российского горного сообщества, Юрий Николаевич оказывал большую помощь и содействие в повышении эффективности развития минерально-сырьевого сектора экономики страны, государственным органам и горному бизнесу. 

Только за последние 15 лет под руководством и при непосредственном участии Юрия Николаевича Малышева подготовлен и внесен в высшие органы законодательной и исполнительной ветвей власти страны ряд конкретных рекомендаций и предложений. Большинство из них были позитивно восприняты и нашли отражение в соответствующих решениях.

В частности, Юрием Малышевым обоснована новая концепция формирования топливно-энергетического баланса страны с учетом существенного увеличения в нем доли угля, положения которой были использованы при разработке утвержденной Правительством РФ «Генеральной схемы размещения объектов электроэнергетики до 2030 года».

Юрием Николаевичем подготовлены научные основы развития экологически чистой угольной энергетики, предложены новые виды угольного топлива (водоугольная суспензия и суперчистое углеродное топливо) и технологии сжигания угля. 

Подготовленный под его руководством пакет предложений проекта закона «О недрах» в 2005 году был рассмотрен на Всероссийском съезде горнопромышленников и принят Правительством РФ. Многие предложения одобрены в законодательном порядке. 

При его непосредственном участии подготовлены и внесены в Госдуму РФ конкретные предложения по совершенствованию налоговой системы на основе рационального использования горной ренты, а также законов «Об объединении работодателей», «Трудового кодекса» и других нормативно-правовых актов.

Юрий Малышев вел большую организационную работу, являясь заместителем председателя Международного организационного комитета Всемирного горного конгресса (МОК ВГК), членом Международного комитета по научным исследованиям в угольной промышленности и Международной инженерной академии Югославии.

Юрий Николаевич – автор 160 научных работ, 50 патентов и изобретений. 

В 2016 году за заслуги в развитии науки, образования, подготовке квалифицированных специалистов и многолетнюю плодотворную работу Юрий Малышев награжден Орденом Дружбы.

 
Масштабные задачи требовали кардинальных изменений в системе работы музея и значительных финансовых вложений. Сложнейшая реконструкция здания, изменение кадровой структуры и длительная работа с коллективом, техническое оснащение, развитие новых для музея видов деятельности, вывод из забвения уникальных коллекций – это лишь малая часть того, что было сделано под руководством Юрия Николаевича.

Благодаря усилиям Юрия Малышева открыта новая страница в истории Государственного геологического музея им. В.И. Вернадского РАН. При нем музей активно участвует в реализации современных научно-исследовательских проектов, просветительских, образовательных, социальных и культурных программ. На базе музея работают «Клуб юных геологов», учебная имитационная шахта «Академическая», активно развивается сотрудничество с регионами России и зарубежными странами, открыт современный информационный центр для работы с электронными ресурсами в области геологии, недропользования, экологии «Инфотека ГГМ РАН». Также ведется активная работа по реконструкции музейных экспозиций с использованием современных технологий – интерактивные экспозиции и детская интерактивная игровая. 

В ноябре 2015 года на базе Государственного геологического музея им. В.И. Вернадского РАН совместно с Национальным исследовательским техническим университетом – Московским институтом стали и сплавов, Российским государственным университетом нефти и газа им. И.М. Губкина, Российским государственным геолого-разведочным университетом им. Серго Орджоникидзе, Московским государственным университетом геодезии и картографии создан Межвузовский Академический Центр навигации по специальностям горно-геологического профиля. 

Центр представляет собой проект по формированию на базе музея непрерывной системы профориентации детей и молодежи в сегменте: школа – ВУЗ – производство.
Кроме того, в музее проводятся научные конференции, семинары, тематические экскурсии и практические занятия, в том числе с использованием современных коммуникационных технологий, организуются учебные геологические поездки, специализированные праздники, детские профориентационные конкурсы, квесты, форумы, различные выставки, музыкальные вечера, спектакли и многое другое.

Все это стало реальным воплощением замысла Юрия Николаевича – объединить современную науку, историю, образование и культуру для эффективного взаимодействия ученых, преподавателей и специалистов производственных компаний для просвещения детей, молодежи и всех тех, кому интересны геология, экология, мир человека и планета Земля.

Юрий Малышев был одним из тех, кто стоял у истоков создания Международного инженерного чемпионата «CASE-IN». 

При его личной поддержке в 2013 году был запущен чемпионат по решению кейсов по горному делу, который объединил студентов 12 профильных вузов. Проект получил высокую оценку отраслевого сообщества, география его участников ежегодно возрастала. Затем всероссийское сообщество переросло в крупнейший конкурс с десятками тысяч участников – Международный инженерный чемпионат «CASE-IN».

 «Просто удивительно, как быстро чемпионат вырос до мощного международного соревнования. Сегодня «CASE-IN» – это множество талантливых студентов, настоящая кузница кадров, где мы находим специалистов для горнодобывающей промышленности», – подчеркнул Юрий Малышев на финале чемпионата в 2020 году.

 По традиции, Юрий Николаевич ежегодно награждал победителей и призеров чемпионата. В 2022 году на торжественной церемонии он обратился к участникам: «Вам предстоит решать важные стратегические задачи, поэтому уже сейчас развивайте свои компетенции, получайте новые знания и перенимайте опыт экспертов, чтобы в будущем стать достойным поколением специалистов и представлять Россию на самом высоком уровне».

В 2022 году престижный проект президентской платформы «Россия – страна возможностей» отметил свой 10-летний юбилей. Все это время Юрий Малышев был вместе с чемпионатом, его организаторами и участниками: давал советы, привлекал новых сторонников, находил возможности для развития «CASE-IN». 

Благодаря поддержке Юрия Малышева Государственный геологический музей РАН им. В.И. Вернадского пять лет подряд был официальной площадкой финала «CASE-IN» − знаковым местом ежегодной встречи для всех, кто связан с проектом и горной отраслью.

 «Здесь собрался цвет будущего топливно-энергетического и горно-промышленного комплексов − таланты, которые завтра будут руководить крупными предприятиями российской промышленности», − сказал он о финалистах «CASE-IN» в 2017 году.

Возможность лично оценить новое поколение горняков, геологов, энергетиков, нефтяников и инженеров других профилей ежегодно привлекала в музей на финал «CASE-IN» лидеров всех ведущих компаний минерально-сырьевого и топливно-энергетического комплексов России.

Почетными гостями финала «CASE-IN» в Государственном геологическом музее были представители руководства топливно-энергетического и минерально-сырьевого комплексов России. В 2015 году медали чемпионам вручал лично Министр энергетики России Александр Новак.

Только в 2018 году организаторы были вынуждены перенести очередной финал на другую площадку, так как Белый зал музея, где проходило соревнование, уже не мог вместить всех участников и экспертов решающего испытания проекта